世界衛生組織指出，聖嬰現象至少和兩類傳染病有關，一是經由昆蟲媒介的傳染病，如瘧疾和登革熱，另一是造成下痢的疾病，如霍亂；生活儲水若管理不當，僅需0.5公分的積水即可讓病媒蚊孳生。
疾病管制署與美國匹茲堡大學於2015年10月5日於美國國家科學院院刊（PNAS，期刊影響指數9.674）共同發表「東南亞8國登革熱疫情區域流行及擴散模式」論文，研究結果發現，登革熱於東南亞的流行趨勢與超級聖嬰現象所致高溫現象有關，每2至5年會有區域內登革熱大流行。
區長王志峰表示，全台登革熱病例截至115年4月20日累計43例個案，雖然皆屬境外移入，但聖嬰年氣溫偏暖，請市民朋友更加關心自己周圍環境清潔衛生，隨時注意清除容器中的積水，以阻絕病媒蚊孳生源。